کردند تا جایی که این گفته یکی از خلفا که «خداوند در هیچ معضلی مرا قرار نداد، مگر اینکه ابوالحسن هم باشد،» مَثَل شد.
ائمه نیز این راه را ادامه دادند. آنان با مواضع خود اسلام را حفظ می‌کردند؛ مواضعی که بنابر مواضع خلفا و نیاز امت متنوع بود. حسن بن علی که صلح با معاویه را پذیرفت و علی بن حسین ملقب به سجاد و امام چهارم شیعیان، انقلاب مسلحانه را ادامه ندادند، بلکه با روش‌های هدفمند و تربیتی و با دعا احکام اسلام را تبیین کردند و انحرافات رسمی را نمایاندند. آنان با این روش از اسلام محافظت و حمایت می‌کردند. امّا حسین بن علی قیام کرد تا انحرافات خطرسازی را از میان ببرد که یزید بن معاویه مرتکب می‌شد؛ انحرافاتی که کیان امت را تهدید و حقایق اسلام را مخدوش می‌کرد.
از پایان قرن اوّل هجری تا میانه قرن دوم، اوضاع و احوال برای آگاهی دادن و تعلیم و تربیت مجتهدان و پیشرفتِ تفکر اسلامی مناسب بود و همین مسئله مجال گسترده‌ای ر�� برای امام محمدباقر(ع) و امام جعفر صادق(ع) که به صادقین معروف شدند، گشود. در این دوره، خلفای اموی سرگرم مشکلات داخلی و مقابله با عباسی‌ها بودند. از سوی دیگر، جامعه اسلام با دیگر جوامع ارتباط برقرار کرد و با هزاران پرسش و مسئله روبه‌رو شد. از این رو، به شدت نیازمندِ رهبریِ فکریِ اصیلِ پیشرفته بود.
آموزه‌های این دو امام که صفت «جعفری» را برای شیعیان تثبیت کرد، فقط به فقه اختصاص نداشت، بلکه شاملِ چگونگی فهم قرآن و ایدئولوژی و اصالت در مسائل اصولی در برابر دیگر جریان‌های فکری بود که از تفکر یونانی و غیریونانی متأثر بودند.
این آموزه‌ها دربردارنده هدایت علمی در عرصه‌های مختلف و گشودگی در برابر دیگر فرهنگ‌ها با حفظ اصالت بود. امام موسی بن جعفر(ع) زندگی خود را در تبعید و زندان و ستم سپری کرد، امّا همچنان نصیحت می‌کرد و تصویر حقیقی اسلام را می‌نمایاند، مانند فرزندانش رضا و جواد که مظلومانه در کنار خلفا زندگی می‌کردند و مانند فرزندانِ فرزندانش، هادی و عسکری، که سالیانی در پادگان نظامی زندان بودند.

همه روایاتی که از امام باقر(ع) و امام صادق(ع) و دیگر امامان وارد شده است، منبعی سرشار از منابع و مآخذ شیعه را تشکیل می‌دهد. این منبع التزام به اسلام را به معنای عام آن می‌نمایاند. کلام آنان از پیامبر نقل شده است و پژوهشگر به هیچ عنوان از آن رایحه فرقه‌گرایی و یا جدایی از امت استشمام نمی‌کند، باید گفت که ائمه اغلب به سبب فردگرایی و ناهمگنی برخی خلفا و علما با کتاب و سنت منتقد آنان بودند.
مجتهدان شیعه و متخصصان علوم مختلف اسلامی همه تلاششان را به خرج می‌دادند تا آنچه در تفسیر قرآن و سنت و تعالیم دوازده امام وارد شده است، با امانت‌داری نقل کنند. این تلاش علما اجتهاد در مقابل نص نبوده بلکه اجتهاد در ضمنِ چارچوب عام احکام و اصول اسلامی بوده است.
سید رضی(ره)، یکی از علمای بزرگ شیعه در نیمه قرن چهارم، اختصاص رکنی خاص را در کعبه یا مسجدالحرام به مذهب تشیع نپذیرفت. این مسئله در زمانی بود که اماکن خاصی برای هریک از مذاهب چهارگانه در مسجدالحرام تعیین می‌شد. سید رضی