خانواده ایشان و زبان تحصیل در حوزه علمیه قم و نجف بود، به‌خوبی فراگرفت و زبان فارسی هم که زبان مادری وی بود. ایشان همچنین، بر زبان فرانسه تسلط و با زبان انگلیسی هم آشنایی داشت.

امام صدر در گفت‌وگو با مجله العرفان خود را چنین معرفی می‌کند: «من به خاندانی تعلق دارم که ریشه‌های آن در لبنان است. من از سلاله امام موسی بن جعفر، هفتمین امام از ائمه دوازده‌گانه اهل بیت(ع)، هستم. هنگامی که ستم حکومت عثمانی به اوج رسید و علمای خاندان ما را کشتند و کتاب‌هایشان را سوزاندند، اجدادم لبنان را ترک گفتند و به عراق و ایران هجرت کردند و در آنجا خاندان بزرگی پدید آوردند.»

ایشان در ادامه می‌افزایند: «من در ایران به دنیا آمدم، سرزمینی که پدرم، صدرالدین در آنجا زندگی کرد و حوزه‌ای دینی در شهر قم بنا نهاد. من هم ابتدا در همان حوزه درس می‌خواندم. سپس، در رشته اقتصاد از دانشگاه تهران مدرک دانشگاهی اخذ کردم و، در ادامه، فراگیری علوم دینی را در شهر نجف اشرف در عراق ادامه دادم و وظایف خود را در مقام عالم دین در جنوب لبنان و پس از درگذشت سیّد عبدالحسین شرف‌الدین که از نزدیکانم بود، برعهده گرفتم.»

بدین‌ترتیب، نَسَب امام صدر از سوی پدر و مادر به مراجع بزرگ می‌رسید، چنان‌که جد مادری ایشان، یعنی آیت‌الله سیّد حسین قمی (متوفای 1945 میلادی /1324 شمسی)، در عرصه مبارزه با رضاشاه پهلوی، پادشاه ایران، فعالیت داشت، چراکه رضاشاه برای کمرنگ کردن نقش علمای شیعه در عرصه اجتماع و دور کردن فرهنگ اسلامی از جامعه ایران و جایگزینی فرهنگ استعماری تلاش می‌کرد.

در این باره مستشرق و جهانگرد انگلیسی، خانم گراتد بل، که مدتی هم مشاور امور مشرق‌زمین در فرمانداری کل عراق بود، در خاطرات خود، بارها از دشواری ارتباط با شیعیان، به‌ویژه، مجتهدان و رهبران دینی آنان، سخن گفته و در نوشته‌های خود چنین آورده است: «در 14 مارس 1920، به‌طور اتفاقی با خاندان صدر ملاقات کردیم. شماری از این بزرگان در کاظمین، شهری مقدس واقع در هشت مایلی بغداد، حضور دارند و ساکنان آن مسلمانانی هستند که با انگلستان مخالف هستند. در رأس آنان باید از خاندان صدر نام برد که می‌توان گفت در میان خاندان‌های علمای دینی سراسر جهان تشیع از همه مشهورترند.»[4]

علامه سیّد عبدالحسین شرف‌الدین(ره)، رهبر وقت جامعه شیعیان لبنان، در یکی از سفرهای خود در دهه 1930 به ایران، به حکم رابطه خانوادگی و پیوند نزدیک میان خاندان شرف‌الدین و خاندان صدر، امام موسی صدر را در ایران دیده بود.

امام صدر برای نخستین بار در سال 1955 میلادی (1334 شمسی) به لبنان سفر کرد و با اقوام و خویشاوندان خود در مناطق صور و شحور و معرکه آشنا و میهمان خانه امام شرف‌الدین شد. سیّد شرف‌الدین هم از نزدیک، توانایی‌ها و استعدادهای او را مشاهده کرد و در مجالس و محافل مختلف بارها بر صلاحیت و شایستگی‌های علمی امام صدر تأکید کرد.

پس از رحلت علامه سیّد عبدالحسین